Hi ha dos períodes històrics que vertebren el recorregut de l’AAG al llarg dels seus quasi quaranta anys d’existència: el paleolític i l’edat mitjana. En funció de les circumstàncies de cada moment (relacionades amb els objectius puntuals de les persones dedicades a la recerca), l’entitat s’ha centrat més en un o altre d’aquests períodes.

La Balma de la Xemeneia (Amer) és un dels principals jaciments paleolítics descoberts i investigats que ha descobert i investigat l'Associació Arqueològica de Girona al llarg de la seva dilatada trajectòria

És per això que, a grans trets, podem dividir la tasca de l’AAG en tres fases:

  1. De 1972 a 1985: la investigació i la divulgació del paleolític tenen un paper predominant. Es descobreixen els jaciments que confirmen l’existència del paleolític inferior a Catalunya (el Puig d’en Roca, Cau del Duc o el tecnocomplex de La Selva) i es dur a terme una laboriosa tasca de divulgació d’aquest període a través de publicacions, conferències i exposicions (com l’organitzada l’any 1976 a la Fontana d’Or de Girona).

  2. Del 1985 a 1998: es produeix un canvi: ara l’edat mitjana és el tema preferent de recerca i divulgació. Hi ha dues línies d’estudi molt concretes: el fenomen remença de la vall d’Hostoles, per una banda, i, de l’altra, la història urbana de Girona. Dos fets destacables en aquest terreny són: la reproducció del plànol de la Girona de l’any 1535 i la formació del nucli dur del Grup de Recerques d’Història Urbana de Girona (HUG).

  3. 1998-2010: el paleolític esdevé novament l’objecte d’estudi principal. Es descobreixen nous jaciments (Domeny, Can Gombis, Pla de la Jueria, Camí dels Carlins, Mas Vicenç o Pla d’en Serra), es posa en pràctica un innovadora forma de divulgar la prehistòria (les demostracions pràctiques), es publiquen llibres i es dirigeix l’excavació de dos jaciments paleolítics: la Balma de la Xemeneia (2001-2003) i la cova “Bauma d’en Noguer” (des del 2009 i actualment en curs).