Com a centre d’estudis històrics, un dels pilars bàsics i raó de ser de l’Associació Arqueològica de Girona és l’àmbit de la recerca dels fets i els processos referents a la història del nostre país.
Al llarg de la seva història com a entitat, l’AAG ha desenvolupat i destacat en dos períodes cronològics i camps de la investigació històrica catalana: el paleolític i l’edat mitjana.
Pel que fa al paleolític, l’AAG ha estat pionera en la recerca de les indústries lítiques més velles de Catalunya. Gràcies a les nombroses sortides de camp realitzades pels membres de l’AAG durants els anys setanta i vuitanta del segle XX i el posterior estudi i anàlisi dels materials arqueològics descoberts en diferents àrees de la bioregió de Girona (Puig d’en Roca, La Selva, Cau dels Ducs de Torroella), avui sabem de la existència del període paleolític inferior a Catalunya. En base a això està justificat l’eslògan “L’Associació Arqueològica de Girona és l’entitat que ha descobert i ha donat ha conèixer el primer capítol de la història de Catalunya“.
Globalment, al llarg del seus quaranta anys l’entitat ha contribuit també a nous descobriments prehistòrics de les comarques gironines, especialment, la descoberta del poblat neolític de La Draga. I, pel que fa al paleolític: els jaciments del Pla de la Jueria (Domeny, Jueria, Pla d’en Serra), Camí dels Carlins o Balma de la Xemeneia.
Des del 2009, l’Associació està duent a terme excavacions en un nou jaciment prehistòric descobert a l’Alta Garrotxa anomenat cova “Bauma d’en Noguer” i en el qual, fins a data d’avui, s’hi han localitzat evidències d’ocupacions humanes d’apartir del neolític fins als nostres dies.